并发症多种多样，呼吸系统可并发肺炎，消化道可并发肠出血、肠穿孔泌尿系统可并发肾衰等。由念珠菌代谢产物所致的变态反应称为念珠菌疹，常为无菌性成群水泡性损害，位于指间或身体其他部位，代谢产物引发的变态反应还可表现为湿疹、哮喘、胃炎等，甚至出现过敏性结肠综合征及远心性多形红斑。
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