(一)发病原因

真菌性肉芽肿属深部真菌感染，因此凡能引起深部组织感染的真菌，均可以是本病的致病菌，如新型隐球菌、曲霉菌、球孢子菌、类球孢子菌、诺卡菌、放线菌、荚膜组织胞浆菌、芽坐菌、分子孢子菌、念珠菌、波伊德霉样真菌、藻菌等，但以隐球菌、曲霉菌和放线菌多见。近年来，由于抗生素、激素和免疫抑制剂在临床上广泛应用，器官组织移植手术推广，以及医务人员对真菌病认识的提高，真菌感染的发生率有增加趋势。在自然界中真菌分布很广泛，很多真菌是条件致病菌，寄生在人体中，当人体抵抗力降低时，它们乘虚而入，可侵犯肺、脑膜和脑、脊髓、皮肤、淋巴结、肠、肝、脾、肾上腺等脏器等。真菌入侵脑的方式，常先从呼吸道吸入，形成肺部病灶，再由肺经血行播散于全身器官和入颅，少数真菌(如曲霉菌、放线菌和芽生菌)可经头面部的口腔、鼻腔、鼻旁窦、眼眶、脊椎骨等处的病灶直接侵入中枢神经系统，个别病例可经腰穿、手术植入而发生脑部真菌感染。患有单核巨噬细胞系统恶性肿瘤、糖尿病等病人较易发生本病。新型隐球菌是隐球菌属于惟一的致病菌，对中枢神经系统有特殊的亲和力，也是颅内真菌感染中最常见的一种。

(二)发病机制

真菌常由呼吸道侵入人体内形成病灶，在由肺部经血液循环播散到脑及脑膜。少数真菌如毛霉菌、放线菌可经五官、颅骨、脊椎骨病灶直接侵入脑脊膜。个别病例可经腰椎穿刺发生感染。

感染使脑膜局限性或广泛性形成不规则的肉芽肿，有淋巴细胞、浆细胞或多核巨细胞浸润。脑呈不同程度的水肿，真菌沿血管周围和软脑膜下聚集，形成多数小囊样病灶，呈急性或慢性化脓性炎症反应，甚至形成脑脓肿或肉芽肿，多位于脑实质内，偶见脑室内。在脓肿和肉芽肿中可见大量真菌体或菌丝。不同种类的真菌感染，引起的病理变化也不相同，白色念珠球菌常引起小灶性化脓和肉芽肿，隐球菌早期形成胶冻样病变，无纤维包膜，晚期则形成肉芽肿，放线菌主要形成多发性脓肿和肉芽肿，脓肿壁呈黄色，脓液含“硫磺颗粒”。慢性病程者常有广泛脑萎缩。