真菌性肉芽肿属深部真菌感染，因此凡能引起深部组织感染的真菌，均可以是本病的致病菌，如新型隐球菌、曲霉菌、球孢子菌、类球孢子菌、诺卡菌、放线菌、荚膜组织胞浆菌、芽坐菌、分子孢子菌、念珠菌、波伊德霉样真菌、藻菌等，但以隐球菌、曲霉菌和放线菌多见。在临床上正确地使用抗生素、激素和免疫抑制剂，对于器官组织移植和免疫功能低下的患者，也应积极预防感染的发生。