脑猪囊尾蚴病病情复杂多变，在临床工作中，常与以下疾病相混淆：

1.其他脑寄生虫病 如脑棘球蚴病、脑型血吸虫病、脑阿米巴病、脑弓形虫病等。主要依赖于流行病学特征，特异性免疫诊断及典型影像学检查加以区别。

2.脑部非寄生虫感染性疾病 如脑炎、脑脓肿、脑结核等。

3.脑部非感染性疾病 如癫痫、脑梗死、脑血管畸形、结节性硬化及多发性硬化等。

4.脑瘤和脑转移瘤。