皮肤囊肿应与发生于体表皮肤的各类肿瘤相鉴别，有的手术中才能发现。尤其是皮肤下囊肿，因张力过大，有的不移动，而易考虑到纤维瘤。

应与多发性脂囊瘤、脂肪瘤及神经纤维瘤鉴别，依据病理可确诊。

(1)表皮囊肿：是一种真皮内含有角质囊肿。系因外伤将表皮植入皮下而成。其囊肿壁为上皮结构，但基底细胞层为囊壁外层。角质层为囊壁内层并充满角质物于腔内。

本病好发于头皮、颈部及臀、背部。单发或多发，直径数毫米到数厘米不等，缓慢增大，质软硬而具囊性感，基底可移动，与皮肤常有粘连。皮肤表面没有似皮脂腺囊肿的开口小孔，无疼痛，如发生于受压部位时才有压迫性疼痛。可并继发感染，据记载有恶变的可能。

(2)皮样囊肿：常为先天性病变，由于胚胎期上皮残留而发生，属错构瘤，是由于偏离原位的皮肤细胞原所构成。除囊壁表皮细胞外，尚含汗腺、毛囊及皮脂腺等。腔内含有脱落的上皮细胞、皮脂等粥样物及有毛发。