慢性淋巴细胞性甲状腺炎的大多数病人预后良好，本病有自然发展为甲状腺功能减退的趋势，其演变过程很缓慢。发生甲减以后，可用甲状腺制剂替代得到很好的矫正。北京协和医院观察的病人，在随诊过程中甲状腺功能低减的发生率为76%(228例/300例)。同时也注意到在本病患者中，有不少肿大的甲状腺可以缩小或消失，原来查到的甲状腺结节随诊中消失或缩小，硬韧的甲状腺可能变软。Hegedus等观察慢性淋巴细胞性甲状腺炎病人经甲状腺素治疗后，随甲状腺激素水平的逐渐升高，TSH的降低，甲状腺的体积逐渐变小，可从平均50.4ml±6.8ml X±SEM降至34.1ml±5.7ml X±S，减少32%，这种变化与患者血中抗TPO-Ab的改变不相关。慢性淋巴细胞性甲状腺炎引起的甲低容易是永久性的;然而，最近资料显示，一些由慢性淋巴细胞性甲状腺炎引起的甲减病人，可有暂时的甲减;这些病人在用甲状腺激素替代时，大约有20%甲状腺功能有自发的恢复。其他一些观察显示，此恢复机制可能包括TSH阻断抗体的消失。

有文献介绍，慢性淋巴细胞性甲状腺炎病人有较高的发展为甲状腺淋巴瘤的危险。这虽不常见，但在用L-T4的治疗时甲状腺大小在增加时要排除恶性病变。文献中报道慢性淋巴细胞性甲状腺炎中甲状腺癌的发生率为5%～17%，徐少明等报道过去二十几年收治的经病理证实的慢性淋巴细胞性甲状腺炎150例，其中并发甲状腺癌15例(10%)。而北京协和医院观察的300例中，仅发现有2例甲状腺乳头状癌同时发生，此例是术后病理证实的，似乎看不出两种疾病有何内在的联系。如此大的差别，是由于地域关系还是与其他何种因素有关，值得进一步观察。王深明等的资料也显示出，有3/4以上的患者发生了甲状腺功能低减，他们的甲状腺功能减低的发生是与其血中甲状腺球蛋白抗体增高、甲状腺肿大及甲状腺疼痛有关。