病因尚不完全明了，但大量研究已表明微生物和免疫功能缺陷与该病的发生有密切关系。研究发现放线共生放线杆菌(actinobacillus actinomycetemcomitans，Aa)是JP的主要致病菌。它们的作用在于：a.通过产生某些细胞因子杀死人体白细胞，抑制中性粒细胞的趋化能力，从而阻碍白细胞到达感染部位； b.它们可产生内毒素、酶等降解结缔组织、阻止胶原合成和促进骨吸收；c.该细菌还可直接侵入牙周结缔组织内，破坏牙周组织； d.Aa可引发宿主的免疫反应。有研究表明JP患者的血清中Aa抗体明显升高，牙龈局部也产生大量的特异抗体，并进入牙周袋内，达到高于血清的水平。现已证实与Aa的糖类抗原发生反应的主 要是IgG2亚类，起保护作用。

此外，在JP的龈下菌斑中还可分离出较高比例的嗜二氧化碳嗜纤维菌属（capnocytophaga），但近年来发现该菌并非JP所特有，正常人群中也能分离到，故它在JP中的特殊意义已不太强调。
另外，有大量研究证明本病患者多有白细胞功能缺陷，且这种缺陷带有家族性，患者的同胞中有的也可患JP，或虽未患牙周炎，却也有白细胞功能缺陷。