应与细菌感染、其他真菌感染及肿瘤等疾病相鉴别。如果在肺内发现球形阴影时，需将曲霉球与结核球、良性肿瘤、肺脓肿等相鉴别。对于曲霉病必须结合临床症状、外伤史、反复多次真菌培养检查、组织活检以及配合包括X线、CT在内的影像学检查已达到明确确诊。由于曲霉在自然界中广泛存在，所以需要多次培养检查阳性才能做出诊断，以免误诊。病理组织活检对诊断有决定性意义，在组织发现曲霉菌丝及孢子可以做出曲霉病的诊断。