应与肠贾弟鞭毛虫病、肠阿米巴病、炎症性肠病，麦胶性肠病以及维生素B12缺乏症相鉴别。炎症性肠病大多数UC起病隐匿，或轻度腹泻，便血，仅见大便潜血。约30%患儿症状明显，起病较急，多见婴幼儿，腹泻可达10-30次/d，呈血便或黏液血便、脓血便，侵犯直肠者有里急后重。痉挛性腹痛常于便前、便时发生，便后缓解。左下腹触痛明显，可有肌紧张或触及硬管状结肠。