在确诊SARS诊断的基础上，患者出现不同程度的恶心，呕吐，食欲减退，腹泻，腹泻每天10次以内，持续3～8天，大便多呈黄色稀水样，不伴腹痛，即可确诊SARS的胃肠道感染。
需要与SARS的胃肠道感染相鉴别的主要有以下疾病：
1.霍乱(cholera)，是由霍乱弧菌所引起的烈性肠道传染病，发病急、传播快，是亚洲、非洲大部分地区腹泻的重要原因，属国际检疫传染病。在我国属于甲类传染病。典型患者由于剧烈的腹泻和呕吐，可引起脱水，肌肉痉挛，严重者导致外周循环衰竭和急性肾衰竭，一般以轻症多见，带菌者亦较多，但重症及典型患者治疗不及时可致死亡。
2.细菌性痢疾(bacillary dysentery)，是由痢疾杆菌引起的常见急性肠道传染病，以结肠化脓性炎症为主要病变，有全身中毒症状，腹痛、腹泻、里急后重，排脓血便等临床表现。
3.腹泻(diarrhea)，是一种常见症状，是指排便次数明显超过平日习惯的频率，粪质稀薄，水分增加，每日排便量超过200g，或含未消化食物或脓血、粘液，腹泻常伴有排便急迫感、肛门不适、失禁等症状，腹泻分急性和慢性两类。急性腹泻发病急剧，病程在2～3周之内，慢性腹泻指病程在两个月以上或间歇期在2～4周内的复发性腹泻。
除了与以上疾病鉴别外，还应与可伴发呼吸道症状的病毒性胃肠炎、大肠埃希杆菌0157等进行鉴别，还应警惕病程中出现的肠道双重菌感染。