(一)治疗

因乳头状瘤有恶变可能，因此应积极治疗，肿瘤小可在内镜下摘除或激光切除，肿瘤巨大需经食管局部切除或对病灶进行监测。因为有的EP与HPV有关，所以上述操作能否触发传播仍是一个值得注意的事，故切除时应小心操作。伴HPV的EP预后是否差些，需进一步调查。

(二)预后

一般认为食管乳头状瘤是癌前病变，但目前尚无确切的癌变报道，对已确诊为该病、瘤体较大者或同时伴有异型增生者应尽早手术切除，目前绝大多数病例通过内镜下摘除治疗，术后长期随访几无复发。