Barrett食道可发生严重的并发症，良性并发症包括反流性食道炎、食道狭窄、溃疡、穿孔、出血和吸入性肺炎等。

常见的并发症有：

1．溃疡Barrett食道引起溃疡的发病率为2%～54%，食道柱状上皮受酸性消化液腐蚀后可以发生溃疡，出现类似胃溃疡的症状，疼痛可放射至背部，并可引起穿孔、出血、浸润、溃疡愈合后发生狭窄，出现下咽不畅的症状。甚至可穿透主动脉导致大出血而迅速致死。Barrett溃疡的病理分型有两种，最为常见的为发生在鳞状上皮段的浅表性溃疡，这种类型与因反流性食道炎引起的溃疡相似。另一种少见的为发生在柱状上皮段的深大溃疡，与消化性溃疡相似。

2．狭窄食道狭窄是Barrett食道最常见的并发症，发生率为15%～100%。狭窄部位多于食道中上段的鳞-柱状上皮交界处，而胃食道反流引起的狭窄多位于食道下段。反流性食道炎的发生率为29%～82%。病变可单独累及柱状上皮，也可同时累及鳞状和柱状上皮。

3．恶变 Barrett食道中发生癌肿的发生率不甚确切，长期反流物进入Barrett食道可能起恶变作用。但有研究认为Barrett食道病病人施行了抗反流手术亦不能使这些柱状上皮消退，亦不减少恶变的危险性。Barrett食道的柱状上皮区内可以发生异型增生，程度可自低度到高度，有时低度异型增生不易与正常柱状上皮区别，高度异型增生与原位癌有时难予区别，并可进展至浸润癌。这些恶变的肿瘤系腺癌。须要指出的是内镜发现贲门腺癌伴有良性柱状上皮与柱状上皮异型增生为腺癌是有区别的。Barrett食道的异型增生是癌前期状况已为多数人公认。

4．胃肠道出血可表现为呕血或便血，并伴有缺铁性贫血，发生率约为45%，其出血来源为食道炎和食道溃疡。