肾周围炎、肾周围脓肿可由多种致病菌引起，近年来由于广泛应用广谱抗生素血运感染日趋减少，致病菌昔日以金黄色葡萄球菌为主，转为大肠埃希杆菌及变形杆菌为主，金黄色葡萄球菌次之。其他致病菌还包括许多革兰阴性杆菌如克雷白杆菌肠杆菌、假单胞菌和铜绿假单胞菌等。肠球菌和链球菌在文献上也有过报道，某些厌氧菌如梭状芽孢杆菌、多形杆菌和放线菌也可致病，而且常规细菌培养为阴性。肾周脓肿约25%为混合性感染。