主要与硬下疳，软下疳鉴别：硬下疳为单个质硬的溃疡，无疼痛感，无复发史，实验检查USR(+)或RPR(+)，梅毒螺旋体可见。软下疳为质软的溃疡，局部虽有疼痛感但无复发史，实验检查链杆菌阳性。

1.固定型药疹 有药物过敏史，发疹前有用药史，每次发病位固定且不限于外阴部，其他的皮肤、黏膜交界处也有损害，皮损主要为暗红斑上有厚壁水疱或大疱。

2.Behcet综合征 可首先出现口腔或外生殖器溃疡，针刺试验阳性，以后可伴虹膜睫状体炎及四肢结节性红斑。

3.梅毒硬下疳 潜伏期2～4周，局部硬结、溃疡，无自觉症状，苍白螺旋体和梅毒血清反应阳性。

4.软下疳 发病前2～5天有性乱史，损害为外阴部溃疡，基底软，伴疼痛与触痛，单侧腹股沟淋巴结肿大、触痛，可形成溃疡并排脓，可检出Ducrey嗜血杆菌。

其他生殖器部位皮肤病如接触性带状疱疹、白塞病。脓疱病有时与生殖器疱疹相似，可以从病史及检查方面相区别。