表皮囊肿是由表皮组成，其囊壁包括表皮的棘细胞层、粒细胞层及角质细胞。囊壁的外层也可见到上皮钉脚。囊内常见浅表层角化细胞聚集，切开囊壁，呈灰白色豆渣样物，其中充满角质蛋白，排列成层。如果为时较久，囊内压力较大则鳞形上皮被压为极薄一层扁平上皮。若处理不当，囊肿破裂，可合并感染。
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