1、从新鲜粪便标本中查到吞噬有红细胞的滋养体，或从肠壁活检组织中查到滋养体是本病确诊的可靠依据。
2、从粪便标本中仅查到1-4个核包囊或肠腔型滋养体，应报告为溶组织内阿米巴、迪斯帕内阿米巴感染。此时即使患者有症状，亦不能据此得出肠阿米巴病的诊断，应根据流行病学史、血清抗体检测、粪抗原检测或PCR检测证实感染虫株确属溶组织内阿米巴后，诊断才能确立。否则必须寻找引起腹泻的其他原因。
3、在有症状患者的血清中若能查到高滴度的阿米巴抗体，亦是本病诊断的有力证据。