心包间皮瘤主要需与原发性良性间皮瘤、心包炎及心包转移肿瘤相鉴别。
原发性良性间皮瘤(房室结之间皮瘤)：是自陷入房室结邻近的胚性残余间皮心包巢发生，因瘤块有可能影响到心脏传导系统的枢纽房室结的正常功能，故认为是能引起患者猝死的最小肿瘤。多见成年妇女。其生物学行为与发生自心包膜的间皮瘤不同。本病外科切除易引起心脏的传导阻滞，最适当治疗是房室起搏器。
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