主要是和其他引起消化道出血的疾病相鉴别。
1.消化性溃疡本病为慢性、周期性发作的疾病，常表现为节律性疼痛，伴反酸、嗳气，多于秋冬、春季发作，钡餐、内镜及血管造影检查等可与血管畸形鉴别。
2.消化道肿瘤如胃癌、小肠淋巴瘤、结直肠癌等，亦可表现为消化道出血，出血量可大可小，依肿瘤部位、大小、性质而定。还常有食欲不振、消瘦、腹痛、腹胀等表现。X线钡餐检查、内镜加活检检查及血管造影可确诊，必要时可行剖腹探查。
3.胃、肠息肉亦可仅有消化道出血而无其他临床表现。内镜加活检组织病理检查及X线钡餐检查可与血管畸形鉴别。
4. 肝硬化食管静脉曲张破裂出血：如血管畸形表现为急性大量上消化道出血时应与肝硬化食管静脉曲张破裂所致消化道大出血相鉴别。肝硬化多有肝炎、血吸虫病、酗酒等诱因，且有凝血机制障碍、黄疸、食欲不振及肝功能损害等表现，实验室检查可有肝功能异常、凝血机制障碍等。钡餐或胃镜检查可发现食管下段和(或)胃底静脉曲张等可与血管畸形鉴别。
5.急性胃黏膜病变本病发病前多有诱因，如脑外伤、药物刺激、各种应激状态等，多为急性起病。急诊内镜检查多可确立诊断，易与血管畸形鉴别。
6.其他血管畸形出血时尚需与溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠结核等疾病相鉴别。根据上述疾病的临床表现、实验室检查及内镜、血管造影等一般可发现明确的病变。