轮状病毒肠炎与其他病毒引起腹泻的鉴别主要靠病原学检查，呕吐、腹泻严重者应注意与胃肠型食物中毒和霍乱等相鉴别。
1.胃肠型食物中毒临床表现以急性胃肠炎为主，如恶心，呕吐，腹痛，腹泻等，葡萄球菌食物中毒呕吐较明显，呕吐物含胆汁，有时带血和粘液，腹痛以上腹部及脐周多见，腹泻频繁，多为黄色稀便和水样便，侵袭性细菌引起的食物中毒，可有发热，腹部阵发性绞痛和粘液脓血便，副溶血弧菌食物中毒的部分病例大便呈血水样，产气荚膜杆菌A型菌病情较轻，少数C型和F型可引起出血性坏死性肠炎，莫根变形杆菌还可发生颜面潮红，头痛，荨麻疹等过敏症状，腹泻严重者可导致脱水，酸中毒，甚至休克。
2.霍乱(cholera)，是由霍乱弧菌所引起的烈性肠道传染病，发病急、传播快，是亚洲、非洲大部分地区腹泻的重要原因，属国际检疫传染病。在我国属于甲类传染病。典型患者由于剧烈的腹泻和呕吐，可引起脱水，肌肉痉挛，严重者导致外周循环衰竭和急性肾衰竭，一般以轻症多见，带菌者亦较多，但重症及典型患者治疗不及时可致死亡。