可引发高热惊厥、败血症，反复感染可致慢性高血压和慢性肾功能衰竭等。尿路感染的并发症有肾乳头坏死，肾周围炎和肾周围脓肿，感染性肾结石和革兰氏阴性杆菌败血症。
1.肾乳头坏死：肾乳头坏死可波及整个锥体，由乳头尖端至肾皮质和髓质交界处，有大块坏死组织脱落，小块组织可从尿中排出，大块组织阻塞尿路，因此肾盂肾炎合并肾乳头坏死时，除肾盂肾炎症状加重外，还可出现肾绞痛，血尿，高热，肾功能迅速变坏，并可并发革兰氏阴性杆菌败血症，如双肾均发生急性肾乳头坏死，病人可出现少尿或无尿，发生急性肾功能衰竭，本病的诊断主要依靠发病诱因和临床表现，确诊条件有二：①尿中找到脱落的肾乳头坏死组织，病理检查证实;②静脉肾盂造影发现环形征，和/或肾小盏边缘有虫蚀样改变，均有助于诊断，治疗应选用有效的抗生素控制全身和尿路感染;使用各种支持疗法改善病人的状态，积极治疗糖尿病，尿路梗阻等原发病。
2.肾周围炎和肾周围脓肿：肾包膜与肾周围筋膜之间的脂肪组织发生感染性炎症称为肾周围炎，如果发生脓肿则称为肾周围脓肿，本病多由肾盂肾炎直接扩展而来(90%)，小部分(10%)是血源性感染，本病起病隐袭，数周后出现明显临床症状，病人除肾盂肾炎症状加重外，常出现单侧明显腰痛和压痛，个别病人可在腹部触到肿块，炎症波及横膈时，呼吸及膈肌运动受到限制，呼吸时常有牵引痛，X线胸部透视，可见局部横膈隆起，由肾内病变引起者，尿中可有多量脓细胞及致病菌;病变仅在肾周围者只有少量白细胞，本病的诊断主要依靠临床表现，X线检查，肾盂造影，超声及CT有助确诊，治疗应尽早使用抗菌药物，促使炎症消退，若脓肿形成则切开引流。
3.感染性肾结石：感染性肾结石由感染而成，是一种特殊类型的结石，约占肾结石的15%～20%，其主要成分是磷酸镁铵和磷酸磷灰石，感染性肾结石治疗困难，复发率高，如不妥善处理，则会使肾盂肾炎变为慢性，甚至导致肾功能衰竭，临床表现除有通常肾结石的表现外，还有它自己的特点，感染性结石生长快，常呈大鹿角状，X线平片上显影，常伴有持续的或反复发生变形杆菌等致病菌的尿感病史，本病可根据病史，体格检查，血尿化验和X线检查等作出诊断，病人常有变形杆菌尿路感染病史，尿pH>7，尿细菌培养阳性，治疗包括内科治疗，手术治疗和其他治疗方法，肾结石在0.7～1cm以下，表面光滑，可用内科治疗，目前尚无满意的溶石药物，通常需使用对细菌敏感的药物，其次，酸化尿液可用氯化铵等，手术治疗是重要的治疗措施，应劝病人尽早手术，其他治疗包括大量饮水，酸化尿液，利尿解痉等。
4.革兰氏阴性杆菌败血症：革兰氏阴性杆菌败血症中，由尿路感染引起者占55%，主要表现，起病时大多数病人可有寒战，高热，全身出冷汗，另一些病人仅有轻度全身不适和中等度发热，稍后病势可变得凶险，病人血压很快下降，甚至可发生明显的休克，伴有心，脑，肾缺血的临床表现，如少尿，氮质血症，酸中毒及循环衰竭等，休克一般持续3～6天，严重者可因此而死亡，本病的确诊有赖于血细菌培养阳性，故在应用抗菌药之前宜抽血作细菌培养和药敏试验，并在病程中反复培养，革兰氏阴性杆菌败血症的病死率为20%～40%，除去感染源是处理败血症休克的重要措施，常用措施为抗感染，纠正水，电解质和酸碱平衡紊乱，使用大量皮质类固醇激素，以减轻毒血症状;试用肝素预防和治疗DIC，通畅尿路。