1.注意与“假性厌食症”的鉴别
必须先排除宝宝是否患有感冒或内科慢性疾病，例如：长期泄泻、慢性肝炎、肺结核等，如果是因为这些疾病而引起的厌食是自然的，等到疾病痊愈后厌食就会改善。真正的厌食是指小朋友长时期食欲不振，看到食物也不想吃，甚至拒吃，这种情形一般连续两个月以上才符合所谓的“厌食症”。
2.某些慢性疾病，如消化性溃疡、慢性肠炎、结核病、消化不良及长期便秘等都可能会引起厌食症。
3.注意与缺铁性贫血相鉴别
缺铁性贫血是小儿的多发病，缺铁除了引起对造血功能和细胞免疫功能造成影响外，还可引起胃酸减少，胃、十二指肠炎，肠黏膜萎缩和吸收功能障碍等胃肠消化功能异常，影响小儿食欲，甚至生长发育。与小儿厌食症的所表现的症状有一定的相似，所以必须多方排查，以免误诊。
4.注意与钩虫病相鉴别
患有钩虫病的小儿有贫血、异食癖和精神食欲减退等症状，应检查大便常规找钩虫卵，确诊后及时驱虫治疗。
5.大多数小儿厌食症不是由于疾病引起的，而是由于不良的饮食习惯、不合理的饮食制度、不佳的进食环境及家长和孩子的心理因素造成的。除家庭环境和病史中有明确饮食习惯不良外，必须排除有关疾病因素，方能诊断，并注意纠正不良习惯，要循序渐进，正确诱导和鼓励。