小儿衣原体肺炎只要及时发现和治疗有效，病儿可很快康复。但重症或孩子免疫力低下易出现下列并发症，如治疗不及时，则预后不良。
①肺气肿：气短、呼吸困难、咳嗽、咳痰、乏力、体重下降、食欲减退、上腹胀满等。
②肺不张：有胸闷、气急、呼吸困难、干咳、胸痛，突发呼吸困难和发绀、咳嗽、喘鸣、咯血、脓痰、畏寒和发热、心动过速、体温升高、血压下降，甚至休克。
③肺大泡：巨大肺大泡可使患者感到胸闷、气短。肺大泡突然增大破裂，可产生自发性气胸，而引起严重呼吸困难，也可出现类似心绞痛的胸痛。
④支气管扩张症：有咳嗽、咳痰、胸闷等表现。
⑤心力衰竭：发病时小儿躁动不安，呼吸困难和发绀，呼吸急促，>60次/分，心率加快，>180次/分，并有肝脏增大，下肢浮肿等，应立即采取措施，控制其发展，利用强心剂，利尿剂等治疗。
⑥呼吸衰竭：发病时小儿烦躁不安，呼吸困难和紫绀，呼吸早期加快，症重时减慢，有呻吟呼吸和呼吸节律改变。危重时心率加快或减慢，并出现昏迷和抽搐现象。
⑦缺血缺氧性脑病：肺炎呼吸困难缺氧严重时，患儿易呕吐、头痛、嗜睡或烦躁不安，继之昏迷惊厥。脑病发病较急，来势凶猛，病情险恶，往往与多种并发症交错出现，相互影响，使病情变得更为复杂，病死率高。
⑧休克：体温骤升达40～41℃或骤降，寒战、面色灰白、烦躁或昏迷、多汗、皮肤呈大理石样改变，血压下降或测不出，同时出现多脏器功能改变，症状凶险。
⑨肠麻痹：表现为高度腹胀、呕吐、便秘和肛管不排气。腹胀严重至压迫心脏和肺脏，使呼吸困难更严重。此时，患儿面色苍白发灰，腹部叩诊呈鼓音，肠鸣音消失，呕吐物可呈咖啡色或粪便样物，X线检查发现肠管扩张，肠壁变薄，膈肌上升，肠腔内出现气液平面。