本病应与由柯萨奇A病毒引起的疱疹性咽峡炎相鉴别。
疱疹性咽峡炎是由是由许多A组柯萨奇病毒或其他肠道病毒引起的以急性发热和咽峡部疱疹溃疡为特征的自限性疾病，以粪-口或呼吸道为主要传播途径，感染性较强，传播快，呈散发或流行，夏秋季为高发季节，主要侵袭1-7岁儿童。一般病程4-6日，重者可至2周。临床表现为哭闹、拒奶、持续发热、咽部疼痛、流涎。主要症状表现在咽部，初起时咽部充血，咽峡部(扁桃体、软腭及悬雍垂上)可见散在的约小米粒大小的灰白色疱疹，周围绕有红晕，2-3天后逐渐扩大后破溃，形成溃疡。