鉴别诊断应考虑急性化脓性淋巴结炎，最常见者为颈部化脓性淋巴结炎，其发病较急、局部淋巴结急性炎症现象明显。周围血象白细胞及中性多形核粒细胞数都明显增高。这些均有助于鉴别。此外应与传染性单核细胞增多症及布氏杆菌病鉴别。

重症淋巴结结核须与霍奇金病、白血病及淋巴肉瘤鉴别。霍奇金病的淋巴结肿大范围极广，每从颈部、胸腔直到腹腔皆有波及。淋巴结肿大发生快，往往压迫食管及气管引起吞咽与呼吸困难，或压迫门静脉而发生腹水症状，但不会发炎、化脓或钙化。常有反复性发热(每次发热约1～2周)及皮肤瘙痒。有时可见显著脾肿大。确诊靠活组织检查。白血病有特殊血象可资鉴别。淋巴肉瘤病程险恶，很快发生压迫症状如嘶哑及呼吸困难，又常合并胸痛、胸腔积液等，鉴别主要靠活组织检查。此外，淋巴结结核应与淋巴结反应性增生包括组织细胞型反应性增生及免疫母细胞性淋巴结病相鉴别，后者临床特点为弛张高热，全身淋巴结肿大，肝脾肿大及血沉增快，部分病例有皮疹及关节痛，激素治疗有效，确诊靠淋巴结活检。颈淋巴结结核须与颈部放线菌病相区别。后者颈部大多是沿下颌缘形成坚韧而不能移动的浸润，后可红肿、软化，逐渐破溃形成若干瘘管，分泌带有硫黄样颗粒的稀薄脓液，显微镜下可查到放线菌。国外报告非典型分枝杆菌所致之颈淋巴结炎极似淋巴结结核，病理检查无法区分，二者都可有钙化。诊断靠本症PPD-B反应阳性及培养分离出细菌后分型肯定。