房扑发生后还易引起房内血栓形成，部份血栓脱落可引起体循环动脉栓塞，临床上以脑栓塞最为常见，常导致死亡或病残。
脑栓塞是指脑外其它部位的脂肪、血凝块、壁栓、气体等栓子经血流进入颅内动脉，引起脑动脉阻塞及相应供血区的脑功能障碍。栓子的来源以心源性多见。突然发病，无先兆，常见症状为偏瘫或单瘫、癫痫发作、感觉障碍和失语，有时可迅速昏迷和出现急性颅内压增高症状。体检可发现患者常有失语、偏瘫或单瘫、感觉障碍、昏迷等局灶性神经体征。依栓塞血管的不同，可出现其它局灶性神经系统体征和身体其它部位血管栓塞以及原发病的体征。