早发型的鉴别诊断包括：肺透明膜病、羊水吸入综合征、持续胎儿循环、败血症(经产道的大肠埃希杆菌、单纯疱疹感染)、代谢性疾病(低血糖、高氨血症)、解剖异常(先心病、膈疝)或其他原因所致的青紫和败血症样表现。

有些情况GBS感染难与肺透明膜病鉴别，如Apgar评分低、生后第1天有休克和呼吸暂停、早破水、心大、胸膜渗出、病情恶化快等。足月儿GBS感染如同时有低氧、低血压、粒细胞减少、呼吸暂停等，则可发生持续胎儿循环。