1.颅内出血、窒息 败血症有呼吸暂停、震颤、抽搐、前囟凸出、表示有神经系统侵犯时，尤其是初生1周内患儿，应与颅内出血、窒息等鉴别。后者发病早，多在生后1、2天内起病，有产伤史。有神经系统先天畸形并发脑膜炎时，也应与败血症鉴别。

2.呼吸道疾病 败血症早期症状可有呼吸困难、急促、发绀等，应与气胸、肺炎、未成熟儿原发性呼吸窘迫综合征、肺膨胀不全等鉴别，必要时可摄胸部X线片以协助诊断。

3.消化道疾病 腹胀、呕吐、大便次数多或减少，是肠道原发病的表现，也可在败血症时出现，应分析各症状的发展和因果关系。对肠菌类引起的败血症应提高警惕。

4.血液病 新生儿溶血病、红细胞酶的缺乏也可表现黄疸、贫血、呼吸急促和呼吸困难等，但严重的溶血性贫血并无感染征，可与败血症引起的高胆红素血症鉴别。新生儿出血症须与败血症并发出血者鉴别，前者无感染灶，输血和维生素K治疗可获痊愈。特发性血小板减少性紫癜和先天性白血病应与败血症鉴别，可由血常规检查协助诊断。

5.新生儿肝炎 以黄疸为首发症状，皮肤黄染明显而全身感染、中毒症状轻，故常常误诊。新生儿败血症出现黄疸的机制除细菌毒素引起的溶血外，与肝细胞的损伤、肝脏排泄胆汁障碍及新生儿肝脏酶系统发育不完善，胆红素在肝脏结合过程受到抑制有关。所以部分患儿血中转氨酶及直接胆红素升高，临床常误诊为肝炎综合征而延误治疗。

患儿无肝炎接触史，与其母HBsAg全部阴性。实验室检测，多数患儿白细胞数增高，选用抗生素治疗症状迅速好转。同时有局部感染灶更是诊断败血症的重要线索。而没有明显感染灶的新生儿败血症惟一依据是血培养。因此当患儿出现原因不明的黄疸时，应想到败血症的可能并早期采血做细菌培养。如果一次血培养阴性而又高度怀疑败血症时，应反复做血或感染灶的渗出物的细菌培养以提高阳性率。

6.其他感染 单纯疱疹、巨细胞包涵体病、柯萨奇病毒感染等均可在新生儿期发生，其症状与败血症相似。单纯疮疹病毒感染，半数可无疱疹，只有全身症状。柯萨奇病毒可引起发热、厌食、呕吐、苍白、发绀、呼吸困难、肝大、黄疸、出血等，主要表现为心肌炎和脑膜炎，多在初生2周内发病。另外，弓形虫病、球状孢子菌病、播散性组织胞浆菌病等少见病，有时也应与败血症鉴别。