肝脾肿大并发症视原发病不同而不同。如新生儿感染性疾病引起的肝脾肿大疾病，可并发新生儿败血症、化脓性脑膜炎、肺炎、肺脓肿、迁移性病灶(如蜂窝组织炎、骨髓炎，肾盂肾炎等)和多脏器功能障碍综合征等。
1.新生儿败血症(septicemia of newborn)是指新生儿期致病菌经各种途径侵入新生儿血循环，并在其中生长繁殖、产生毒素而造成全身性的感染。
2.脑膜炎是一种娇嫩的脑膜或脑脊膜(头骨与大脑之间的一层膜)被感染的疾病，此病通常伴有细菌或病毒感染身体任何一部分的并发症，比如耳部、窦或上呼吸道感染。
3.肺炎是指终末气道，肺泡和肺间质的炎症，可由疾病微生物、理化因素，免疫损伤、过敏及药物所致。细菌性肺炎是最常见的肺炎，也是最常见的感染性疾病之一。
4.肺脓肿(lung abscess)是由于多种病因所引起的肺组织化脓性病变，早期为化脓性炎症，继而坏死形成脓肿。
5.骨髓炎为一种骨的感染和破坏，由需氧或厌氧菌，分枝杆菌及真菌引起。骨髓炎好发于椎骨;糖尿病患者的足部或由于外伤或手术引起的穿透性骨损伤部位，儿童最常见部位为血供良好的长骨;如胫骨或股骨的干骺端。骨髓炎根据病情发展可为急性和慢性两类。
6.肾盂肾炎(pyelonephritis)是指肾脏盂的炎症，大都由细菌感染引起，一般伴下泌尿道炎症，临床上不易严格区分，根据临床病程及疾病，肾盂肾炎可分为急性及慢性两期，慢性肾盂肾炎是导致慢性肾功能不全的重要原因。