新生儿流行性腹泻的预防主要是消毒隔离和治疗患者，以切断感染源。一旦发现新生儿腹泻就应立即隔离患儿和其父母，并积极治疗患者。如发现流行已难避免，立即将直接或间接接触过的婴儿集中在一个病房，每天做大便培养，严密观察腹泻的发生。对大便培养阳性者再另集中隔离。

有作者认为凡大便培养阳性者，不论有无腹泻都给予抗生素预防，疗程5天。但也有反对药物预防，因为药物预防后带菌率更高，症状可能推迟出现，有时还可能使症状反复发作，延长流行时间。

腹泻流行的婴儿室都应检疫，不收新婴儿或新病人，将已康复的婴儿集中在一起，大便培养阴性3次后出院，未发生腹泻的新生儿也另集中在一间，经过潜伏期(1～6天)后大便培养阴性3次后方可出院。任何病儿出院后，原床位上的用品如被褥、被单、枕头及病床都应消毒。

婴儿室和病室在流行期间应每天消毒，地板湿拖，家具湿揩，不让灰尘飞扬，定时作空气、地板、墙壁和家具拭子培养。

工作人员应特别注意手的刷洗，每接触一患儿后应再洗手，方可接触另一婴儿，定时作手拭子、鼻腔拭子和大便培养，阳性者暂脱离病室或婴儿室。喂奶前需戴消毒手套然后装奶头。对有粪便污染的尿布和床单需集中在一起，消毒后才可送出病室。