新生儿及在不同年龄的儿童中，锁骨骨折有时需与一些其他病损相鉴别。
1.先天性锁骨假关节 为胚胎发育中锁骨内、外两个骨化中心未能正常融为一体所致。新生儿表现为锁骨中外1/3交界处有假关节活动和包块。多发生在右侧锁骨。随年龄增长，局部畸形加重。应与产伤所致锁骨骨折相鉴别。X线像表现为锁骨中外1/3处假关节形成，两骨折端接近并表现为鳞茎状的团块，不产生临床症状和功能障碍。长期随访对锁骨长度的发育，肩锁、胸锁关节均无影响。一般无需特殊治疗。
2.锁颅发育不全为家族遗传性膜内成骨发育异常的疾患
可累及锁骨、颅面骨以及骨盆、脊柱、手、脚骨的发育，造成相应的畸形。临床表现为锁骨全部或部分缺如。X线像与先天性锁骨假关节不同，骨两端有较大的间隙，骨端逐渐变细。同时伴有颅骨、骨盆环缺失，颌面骨发育小等畸形。
3.锁骨内端骨骺分离 锁骨内端骨骺骨化较晚，闭合最迟。因此幼儿及青少年锁骨内端外伤时，较少发生胸锁关节脱位或骨折，而更易发生骨骺分离。骨骺分离在X线像上表现为胸锁关节脱位的征象。
4.肩锁关节脱位儿童的锁骨外端骨折在临床上及X线像有时也难与肩锁关节分离相鉴别。必要时需用断层X线像或CT检查。
5.另外，本病易误诊为臂丛神经损伤或肋骨急性骨髓炎。故诊断进应仔细检查局部有无骨擦音、肿胀和压痛反应。若有可疑则行X线检查。
6.还应与颈椎畸形、颈椎外伤半脱位及颈髓肿瘤相鉴别。