1.肠系膜囊肿 一般术前作鉴别有一定困难。肠系膜囊肿位于肠系膜，囊壁很薄，无肌层，内含黄白色淋巴液，与肠壁分开并有一定距离。术时须注意不损伤肠壁而将其剥除。但重复畸形不易从肠壁上剥除，而应将附近通肠管一并切除。但重复畸形亦偶见不与肠管紧密黏附者。此类囊肿内衬有肠壁上皮，并伴有脊柱畸形，Rickham将此类囊肿称为有肠壁上皮的肠系膜囊肿，术时应注意鉴别。

2.美克尔憩室 本病术前可引起肠梗阻及消化道出血。但术前难与肠重复畸形作鉴别，术时可根据美克尔憩室位于回肠远端肠系膜对侧缘，而重复畸形位于肠系膜侧缘而做出鉴别。