由于新生儿心肌炎临床表现不典型，应注意与新生儿肺炎、心内膜弹力纤维增生症等相鉴别。

1.新生儿肺炎(neonatal pneumonia) 本病与新生儿心肌炎不同之处，在于呼吸表现以呼吸急促为主，吸氧后发绀可有明显改善;心音不低钝，心律失常和心力衰竭少见，即使出现心力衰竭也较容易控制。X射线检查心脏多正常，有肺过度充血征，可呈点片状或不张的改变。血清酶学检查正常，抗心肌抗体阴性。

新生儿心肌炎与新生儿肺炎的鉴别见表1。

2.心内膜下弹力纤维增生症(endocardial fibroelastosis，EFE) 与新生儿心肌炎不同点在于心律失常较少见。心电图检查可有左心室肥厚伴V5、V6导联深Q波和T波的深倒置。超声心动图显示心壁及室间隔肥厚。血清酶学检查多无变化。顽固性心力衰竭，反复发作。X射线检查可见增大的心脏阴影，于心力衰竭控制后1个月内一般无明显缩小。

新生儿心肌炎与心内膜下弹力纤维增生症的鉴别见表2。

3.糖尿病母亲所生婴儿的肥厚性心肌病(neonatal hypertrophic cardiomyopathy of mother with diabetes) 特点为：母亲有糖尿病，所生婴儿多为巨大胎儿，于生后出现进行性呼吸困难，伴有轻度发绀。呼吸频率60～80次/min，心率>160次/min，常有奔马律，部分病例可听到收缩期杂音。常见肝大和充血性心力衰竭。X射线检查可见心脏增大和肺静脉轻度充血。心电图显示左、右心室肥厚。超声心动图的特征为室间隔与左、右心室壁不成比例地增厚。

4.心型糖原贮积病(glycogenosis，heart type) 是由于糖原水解酶的缺乏所造成的心脏等器官不同程度的糖原累积。大多数在新生儿期发病，表现为食欲不振、呕吐、生长发育缓慢，随之出现呼吸困难、青紫、烦躁、咳嗽及水肿等心功能不全的症状，偶有心脏杂音。患儿的舌体较大，常外伸，肌无力，哭声小。X射线检查心脏呈球形。心电图出现P-R间期缩短、S-T段下降、QRS波群增宽和T波倒置。患儿的白细胞内可见糖原增多。

5.新生儿先天性心脏病(neonatal congenital heart diseases) 根据病史、临床症状和体征，结合X射线、心电图及超声心动图等表现综合分析做出诊断，必要时做心导管检查以明确诊断。