对新生儿病毒性心肌炎暴发流行的预防，对优生优育及降低新生儿死亡率十分重要，应做好围生期保健工作，保护孕妇免受感染。对婴儿室及母婴同室病房应加强管理，严格遵守消毒隔离制度。发生流行时，患儿应隔离2周，接触者检疫。对易感新生儿给予注射人血清免疫球蛋白，每次0.2ml/kg。目前，有关预防柯萨奇病毒感染的基因疫苗的研制工作正在进行中。同时应积极防止产伤、窒息、寒冷及高热等。