先天性弓形虫病应与TORCH综合征(风疹、巨细胞病毒感染、单纯疱疹和弓形虫病)中的其他疾病相鉴别。此外尚需与梅毒、李斯特菌或其他细菌性和感染性脑病，胎儿成红细胞增多症、败血症、传染性单核细胞增多症、淋巴结结核等鉴别。主要依靠病原学和免疫学检查确诊。

1.先天性巨细胞病毒感染 先天性弓形体感染，表现及预后与CMV感染相似，主要依赖实验室检查鉴别诊断。

2.其他病理性黄疸 主要依赖临床全身脏器受损的表现特点和实验室检查鉴别。

3.其他脑膜脑炎 全身脏器受损的临床特点和实验室检查鉴别。