确定诊断之前，需与结节性多动脉炎和韦格纳肉芽肿相鉴别。
1.结节性多动脉炎(PAN) 以往MPA属于PAN的一种类型，随着疾病认识的不断深入，发现二者临床表现并不完全相同，故1993年的关于血管炎的教会山会议(Chapel Hill consensus conference)把MPA单独列为一种疾病。根据新的定义，PAN是累及中动脉以及小动脉的坏死性炎症，不伴有肾小球肾炎或微小动脉、毛细血管或微小静脉炎症;而MPA是主要累及小血管的坏死性血管炎，很少或无免疫复合物沉积，其中坏死性肾小球肾炎很多见，肺毛细血管炎也常发生。
2.韦格纳肉芽肿(WG) WG为小动脉和小静脉的血管炎，以上、下呼吸道和肾脏病变三联征为主要临床特点，c-ANCA阳性多见，活检病理示小血管壁或其周围有嗜中性粒细胞浸润，并有坏死性肉芽肿形成。而MPA很少累及上呼吸道，主要为p-ANCA阳性，一般无肉芽肿形成。
3.肺出血-肾炎综合征(Goodpasture syndrome) Goodpasture综合征也称为抗肾小球基底膜抗体肾炎伴肺出血(anti-GMB disease withpulmonary hemorrhage)，是由于肺泡和肾小球基底膜受损而致病，包括反复弥漫性肺出血、肾小球肾炎以及循环抗肾小球基底膜抗体(anti-GBM)三联征，临床表现为反复弥漫性肺出血、贫血以及肾出血(血尿)。肺及肾活检经免疫荧光镜检查可见抗基底膜抗体的IgG及C3沿肺泡壁以及肾小球的毛细血管壁呈连续均匀线状沉积。血循环中检出抗基底膜抗体是诊断本病的重要依据。
