眼部猪囊尾蚴病应与下列疾病进行鉴别：
1.急性眼外肌炎
本病发病急，常为单眼，有上睑下垂及眼球运动受限，眼球较突出，眼睑水肿，结膜充血、水肿等可累及视神经而有视力障碍。CT扫描可显示眼外肌形态，主要为眼外肌增粗、肥厚以近肌止端明显超声扫描无类圆形无回声暗区。
2.眼眶假瘤
主要与肌炎型假性肿瘤相鉴别本型表现为眼肌弥漫性增大，CT扫描可见单一的眼外肌或多条眼外肌肿大，形态不规则止点呈球状膨大，与眼外肌猪囊尾蚴病引起的局部炎性肿块阴影不同。