阴道黑色素瘤应注意与其他的少见含黑色素的肿瘤如色素性神经纤维瘤、恶性神经鞘膜瘤相鉴别。阴道黑色素瘤病细胞类型多样，尤其是无色素的阴道黑色素瘤易与阴道鳞癌、阴道腺癌及肉瘤误诊，误诊率达20%。主要借助于免疫组化染色及电镜观察与其他疾病相鉴别，电镜观察较HMB-45的染色更加准确。还应想到与少见的阴道黏膜黑色素痣相鉴别，并排除其他部位的转移瘤和邻近器官恶性黑色素瘤的侵犯，黏膜交界处的变化是证明原发性的最可靠的依据。