个体防护：避免或减少直接接触疫水。在流行区下水前10min，在皮肤上涂15%邻苯二甲酸丁酯乳剂及防蚴油可阻止尾蚴钻入皮肤，涂1次可维持4h。使用防护用具或药物阻止尾蚴侵入人体。如戴防护手套，穿长统胶鞋、尼龙防护裤。
群体防护：对易感地带进行水体灭蚴，加强对居民临时居住地的饮用水卫生处理，每50kg饮用水加漂白精0.5g或漂白粉1g进行处理，30min后可饮用。通过改进生产方式来减少涉水作业;或者在水上作业时尽量使用工具代替人工下水，使用防水衣具等，改革生产工具。
加强重点人群监测和管理来自疫区的人员：在流行季节进入感染性螺区捕鱼、放牧、水上运输和抗洪抢险等作业及汛期临时居住大堤上的人群应进行登记造册，作好个案记录，特别是对非流行区的外来水上作业人员，要督促其作好个体防护，做好记录并发放药物保证其离开后不发生急性感染。首次接触疫水4周左右，进行吡喹酮顿服，剂量为40mg/kg，或者在感染高峰期接触疫水后2周，用蒿甲醚或青蒿琥酯进行早期预防。
在预防血吸虫方面，最根本的方法是消灭钉螺。灭钉螺可以采取土埋、沟渠硬化、垦种、蓄水养殖和火烧灭螺等物理灭螺方法，也可以采取喷杀、浸杀等药物灭螺方法，还可以通过兴林抑螺等利用钉螺的天敌或其它生物，直接消灭或破坏其种群平衡，达到灭螺目的。