由于乳腺淋巴瘤不常见，且临床表现与乳腺癌难以区分，所以开始活检时常被忽视。乳腺淋巴瘤较乳腺癌体积偏大，但这并不能区分两者。如果患者短期内肿块迅速增大，对恶性淋巴瘤有提示作用，而乳腺癌的一些常见症状，如皮肤退缩、红斑、橘皮样外观、乳头分泌物排出在原发性乳腺淋巴瘤不常见。

与乳腺低度恶性淋巴瘤的鉴别诊断包括MALT型淋巴瘤、滤泡型淋巴瘤、淋巴细胞性乳腺病和全身性淋巴瘤的继发侵犯，如小淋巴细胞淋巴瘤/慢性淋巴细胞白血病(CLL)或套细胞型淋巴瘤(MCL)。MALT型与淋巴细胞性乳腺病鉴别主要通过组织学背景。MALT型浸润主要以滤泡外细胞成分为主，伴有不规则核仁和大量细胞浆，可以淋巴上皮病变为主。通过免疫组化染色、流式细胞术或分子遗传学分析证实克隆性也是很有必要的。对于滤泡性淋巴瘤，可见大量滤泡，其中以小裂细胞为主;进行bcl-2蛋白染色可能在区分良恶性上有帮助。发生于乳腺的小淋巴细胞性淋巴瘤或套细胞淋巴瘤均可发生广泛播散。免疫组化可能会有帮助，CLL与MCL均为CD5 ，套细胞性淋巴瘤cyclinD1阳性，而MALT和滤泡性淋巴瘤CD5和cyclin D1，均为阴性。乳腺的大细胞性淋巴瘤和Burkitt淋巴瘤必须进行鉴别。同时也应与非淋巴系统肿瘤，如与常见的低分化乳腺癌进行鉴别，也应与淋巴母细胞性淋巴瘤或白血病浸润进行鉴别。任何一个无典型特征的乳腺癌应当做免疫组化以排除造血系统恶性病变。