1 、术后水肿是最常见的阴茎延长术的危害。一般情况下，阴茎包皮水肿回流主要通过阴茎背侧及两侧的浅层淋巴管以及阴茎静脉，尤其是背浅静脉。因此，公道的选择手术切口对预防术后水肿至关重要。假如出现该情况要及时到医院复查。
2、手术后阴茎的稳定性有所减弱。有时阴茎达不得手术前正常阴茎勃起时自然与腹壁所成的小于或即是90度角。
3、这种手术会破坏阴茎的感觉神经和支配阴茎勃起的血管，可能导致阳痿、龟头没感觉和不能射精。另外，在阴茎根部留下疤痕要尽可能的小而隐蔽。术后感染也是常见的并发症之一。