Sys-JRA患儿可伴发脾肿大、淋巴结肿大、心包炎、胸膜炎、贫血，弥散性血管内凝血，肠系膜淋巴结病变或腹膜炎，惊厥等。反复发作可致发育迟缓。

类风湿因子阴性多关节型JRA患儿可伴发声哑、喉喘鸣和饮食困难。类风湿因子阳性多关节型JRA患儿可伴发类风湿性血管炎，并发干燥综合征及Fetly综合征。

少关节型JRA患儿可因关节周围组织挛缩，导致屈曲障碍，发生双腿长度不等而呈跛行。可并发慢性虹膜睫状体炎、继发性青光眼、白内障，导致严重视力障碍或失明。可伴发于强直性脊柱炎、炎症性肠病和瑞特病等。