目前，关于牙髓钙化有两种观点：
一些学者认为牙髓钙化是牙髓病理性矿化，髓石的形成和根髓弥散性钙化属于牙髓变性的一种类型。牙髓钙化可能是在某些因素影响下发生的一种营养障碍性矿化，当细胞发生变性时，细胞膜内的转运系统不能正常维持，细胞膜对钙离子的通透性增加，钙磷酸盐首先沉积于细胞线粒体内，然后以变性的细胞、血栓或胶原纤维为核引发牙髓组织的钙化。也有学者认为牙髓钙化时常缺乏明显的组织变性，因此不属于营养障碍性矿化。
遗传因素
研究发现多种与遗传相关的疾病和综合征常伴随有牙髓病理性矿化。一些学者报道髓腔广泛矿化以及牙根膨大的岁患者，其子女及兄弟也具有相同症状。另有学者报道末端粘合症患者除了表现指(趾)关节、颧弓、全身骨骼发育畸形外，口腔病损表现为髓石的形成，此病可遗传给子代。
生理因素
Ninomiya等将髓石脱矿后制成不同的切片，并用"型胶原蛋白以及非胶原蛋白，即骨桥蛋白、骨连接蛋白、骨钙素的特异抗体进行免疫组化染色。研究发现"型胶原蛋白均匀分布于髓石，提示它是髓石中一种主要的基质成分;骨桥蛋白位于髓石的周围，呈现强染色;未检测到骨连接蛋白和骨钙素的存在。由于骨桥蛋白在许多病理性矿化组织中普遍存在，因此认为牙髓细胞产生的骨桥蛋白和髓石基质的矿化密切相关。
物理因素
一些学者认为牙髓病理性矿化可能与慢性磨损、外力撞击、正畸矫治力等物理因素有关。研究使用片段弓矫治器和橡皮圈牵引牙齿萌出的过程对牙髓的影响，结果表明在矫治期内未出现牙髓炎以及修复性牙本质形成;但少量病例有广泛的髓石形成(17.5%)，以及出现成牙本质细胞吸入牙本质小管现象(22.5%)。
化学因素
对比出生后持续应用氟化物防龋儿童与未应用氟化物防龋儿童无龋磨牙的牙髓状况，发现应用氟化物防龋组儿童的磨牙髓腔中有纤维牙本质样矿化组织形成，并髓室底部沿着牙本质壁向髓腔发展，取代退化的牙髓组织;并且有根分歧与牙槽骨发生粘连。
感染因素
纳米细菌是在人与牛的血清中发现并命名的新菌种，纳米细菌独特的生物学特性以及它在肾结石、胆结石、牙髓结石，牙周结石等病理性矿化疾病中的高检出率，显示纳米细菌与病理性矿化作用关系密切。通过乙酸双氧铀染色，发现在纳米细菌的菌体周围有一层粘蛋白基质，认为磷灰石晶体的生长可能是通过菌体表面的这层粘蛋白介导的矿化作用。纳米细菌感染成纤维细胞后，能诱导细胞内外产生针状矿化晶体，形成钙化球，其结构与许多病理性钙化组织中的钙化物结构相似。
另一种观点认为髓石和根髓弥散性钙化不应属于牙髓变性，而可能是牙髓细胞的一种主动性修复结果。一般认为髓石是由于某些刺激，致牙髓细胞变性、坏死，成为钙化中心，周围层层沉积钙盐而形成。笔者观察的髓石形成部位均位于牙髓炎症区与充血区之间，这可能是在牙髓炎症过程中的某一阶段，由于炎症介质刺激，启动了牙髓细胞向前成牙本质细胞转化，从而形成修复性牙本质基质，然后钙化形成髓石以抵御炎症反应。有些学者在牙髓炎组织切片中观察到，髓石周围的细胞形态和髓腔壁局限性修复性牙本质旁边的细胞形态是一样的，在髓石周围也可见到类似前期牙本质结构，因此认为髓石的形成是牙髓细胞的主动性修复行为，而非被动的组织变性。
根髓弥散性钙化是对血管充血或出血的反应，是一种主动性修复性反应。根髓和冠髓的环境和细胞成分差异可能导致修复反应不完全一样，即冠髓多数情况下形成髓石，偶可发生弥漫性钙化，而根髓只发生弥漫性钙化，不出现髓石样修复性反应。