1).与神经性皮炎、皮肤真菌病、孢子丝菌病、着色芽生菌病、湿疹样皮炎等鉴别。主要依据是在组织中找到病原菌或从组织中找到该菌。
2).鹰嘴滑囊炎应与葡萄球菌感染者相鉴别。
3).该菌应与新生隐球菌、非洲型组织胞浆菌、白色珠菌、巴西副球孢子菌及皮炎芽生菌等鉴别。这些菌都芽生，而无绿藻菌，不芽生。
4).与球孢子菌相鉴别，球孢子菌亦不芽生，但内孢子的数目多且小，圆形，而无绿藻菌的内生孢子大且成卵圆形和不规则行。