以细胞内寄生的衣原体为病原体，吸入打喷嚏时的飞沫即可感染本病。
发病原因衣原体属分为沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体和家畜衣原体4种。衣原体属细菌但又有病毒特点，似细菌处为其具有细胞壁，相同的繁殖分裂方式，有DNA和RNA;似病毒为只在细胞内生长。常见的引起肺炎的衣原体为CT和CP。沙眼衣原体感染是发达国家最常见的性病之一，亦可引起非淋菌尿道炎或宫颈炎、盆腔炎。受感染的母亲垂直传染可致婴儿发生结膜炎或沙眼衣原体肺炎。国外报道6个月以下因下呼吸道感染住院婴儿1/4为CT感染，国内研究证实CT肺炎占婴儿肺炎的18.4%，成为婴儿肺炎的重要病原。肺炎衣原体是1989年被正式命名的新衣原体种，人群中的感染非常普遍，可引起支气管炎和肺炎，现公认是5岁以上小儿及成人重要的肺炎病原体之一，近年来也发现可引起5岁以下婴幼儿肺炎。鹦鹉热衣原体肺炎是人畜共患性疾病。人受感染主要是吸入含有鹦鹉热衣原体的鸟粪、粉尘或与病鸟接触而致病，一般可致肺炎，少数病例可累及中枢神经系统。