隐孢子虫病可并发胆囊炎和肺部感染。偶见反应性关节炎;婴幼儿可有脱水、电解质紊乱,起病急，症状有大量水样腹泻,如果患者的免疫缺陷状况得不到纠正，感染者便不能够清除。腹泻可长期甚或终生持续下去,继而导致营养吸收障碍，甚至出现肠道外组织器官，如肺脏和胆道系统感染。
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