皮肤损伤局部用可的松软膏有效，全身治疗包括营养支持、泼尼松、环磷酰胺、抗淋巴细胞球蛋白、环孢素、硫唑嘌呤等。食管扩张和抗反流治疗可有效缓解症状。扩张时有发生穿孔的危险。输血相关性移植物抗宿主病可以沉淀及使用白细胞滤过器的方法，可去除大部分的白细胞。目前床边输血时应用白细胞滤除器，滤除率在99%以上。但如果血中残留106个淋巴细胞，也可发生TA-GVHD。