本病治疗以手术为主，治疗包括切除膀胱中隔，解除尿路梗阻，有异位输尿管口或狭窄者，需做输尿管膀胱再吻合术。同时治疗其他畸形。对于合并有膀胱憩室的主要是解除下尿路梗阻，控制感染。目前倾向首先经尿道行憩室颈口切开术，以引流憩室内尿液。如效果不好，再考虑开放或腹腔镜下行憩室切除，如憩室巨大，输尿管口靠近憩室或在憩室内开口，则须做憩室切除，行防反流的膀胱输尿管再植术，并注意修复输尿管口膀胱部的肌肉缺损。