真菌包括了霉菌和蕈类.多种真菌的孢子在环境中无处不在,空气中就常常悬浮着这些孢子.在落到皮肤上或被吸入肺部的各种各样孢子中,有的能引起轻微的感染,仅在罕有的情况下才播散到身体其他部位.少数几种真菌,如念珠菌的多数菌株能在人体体表或肠道内正常存活.这些正常机体定居者仅偶尔引起皮肤,阴道或口腔的局部感染,而少有更多的危害.但是,某些真菌株有时可导致肺部,肝脏或身体其他部位的严重感染。对免疫系统受损的人来说,真菌特别易于引起感染.例如,艾滋病患者或正接受抗癌治疗的患者更易于发生严重的真菌感染.有时,有免疫受损的人发生某些种类真菌的感染,这些真菌很少感染免疫正常的人,但如果发生也会引起损害,如毛霉菌病和曲霉菌病.。