1.疣状皮肤结核 损害虽呈疣状增殖，但有粟粒样脓肿，周围有褐色浸润，中央往往残留网状瘢痕，真菌检查阴性。

2.孢子丝菌病 本病有呈疣状者，多见于手及前臂，多数结节常呈线状排列。真菌学检查可鉴别。

3.结节溃疡性三期梅毒 损害颜色呈铜红色，性质坚硬，浸润显著，不呈疣状增殖，既往有性病史，梅毒血清试验常呈阳性。真菌学检查阴性。

此外，应与病毒感染、异物肉芽肿、红斑狼疮、麻风、利什曼病、角化棘皮瘤、皮肤类肉瘤、寻常疣和恶性肿瘤等疾病相鉴别。