需注意与其他原因的肾乳头坏死鉴别，如糖尿病(特别是急性肾盂肾炎)、尿道梗阻、镰状细胞贫血、肾结核等。患者病史和恰当的实验室检查常能够帮助鉴别。鉴别诊断还包括尿道梗阻、多囊肾(可通过超声排除)、肾硬化和其他引起慢性间质性疾病的较少见原因如高钙血症、肉瘤样肾病、髓质囊性肾病、海绵肾、中草药相关的肾损害等。此外，骨髓瘤肾病可通过简单的血清蛋白电泳排除。另外，还应与嗜酸性粒细胞增多症及其他原因所致肾病综合征鉴别。